Em auditoria ao Centro Hospitalar do Médio Tejo, relativa aos resultados de 2008, o Tribunal de Contas encontrou cinco médicos com quem foram celebrados contratos individuais de trabalho ao mesmo tempo que mantinham vínculo à função pública, uma vez que lhes havia sido concedida licença sem vencimento.
De acordo com o documento "constatou-se haver algumas situações, cinco delas identificadas, em que os funcionários mantêm o vínculo à função pública por lhes ter sido concedida a licença sem vencimento, prevista nos art.os 21.º e 22.º do Estatuto do Serviço Nacional de Saúde (...) A estes funcionários foi concedida licença sem vencimento e com os mesmos foi celebrado o CIT, em 2007, mantendo estes os seus postos de trabalho de origem, bem como as regalias decorrentes do regime da função pública, em suma, a única alteração efectiva reflectiu-se no respectivo aumento salarial". O relatório considera também que há gastos exagerados relativamente às horas extraordinárias. Como exemplo, refere que o CHMT pagou 480 euros por uma hora de serviço extraordinário da especialidade de neuropediatria.
Na análise financeira é apontado que entre o período de 2006 e 2008 os resultados líquidos negativos ultrapassaram os 43,3 milhões de euros. Quanto às dívidas a terceiros, atingiam, no final de 2008, 37,6 milhões de euros a pagar a curto prazo e 4,9 milhões a pagar a médio e longo prazo. Relativamente ao conselho de administração do CHMT, o TC defende que "não se tem revelado homogéneo, nem coeso, e é constituído por um número elevado de vogais [cinco] não justificado pela dimensão e complexidade do centro hospitalar".
Em análise ao número de reclamações dos utentes o relatório refere que "o elevado número de reclamações relativas aos comportamentos e relações poderá evidenciar uma deficiente formação do pessoal em técnicas de atendimento e de relacionamento com o público (...) Em 2008, o número de reclamações apresentadas foi de 455, destacando-se como serviço mais visado a Urgência (317), como o Grupo Profissional o pessoal médico (321) e como tipologia: a Prestação de Cuidados de Saúde (268), os Actos Administrativos de Gestão (127) e as Relações/Comportamentos (102) (...) Verificou-se que grande parte das reclamações sobre pessoal médico analisadas incidia sobre profissionais que exercem a sua actividade em regime de prestação de serviços e que muitas resultam da existência natural de assimetrias de informação na relação médico/utente que deveriam, no entanto, ser minimizadas pelo profissional médico".